神奈川県立こども医療センターは、こども専門病院のほかに、肢体不自由児施設および重症心身障害児施設を併設した小児総合医療・福祉施設として1970年(昭和45年)に設置されました。その後、1977年(昭和52年)に、こどもの心の病気を診る精神療育病棟(精神療育部)および心疾患などを診る循環器病棟が整備され、1992年(平成4年)には、重症心身障害児施設と中央手術室を一新し、病的新生児・未熟児とハイリスク妊婦の包括医療を行う新生児・母性病棟(周産期医療部)が整備され、病院機能は、さらに拡充されました。外来と入院病棟のある本館は平成18年に建て替えられました。